Cabe a Jill Valentine, uma das sobreviventes da mansão, fazer sua última fuga, para longe de Raccoon City, e a única maneira é enfrentando o terror afora.
Mercenários em uma operação especial da Umbrella, na verdade uma fachada para a empresa sair isenta de culpa, descem de helicópteros para buscar sobreviventes, mas logo são atacados e um por um morrem. Apenas 3 membros sobrevivem e fogem: Carlos Oliveira, Mikhail Sergeivitch e Nicholai Ginovaef.
Ao procurar refúgio na delegacia, Jill é surpreendida com o aparecimento de Brad Vickers ferido e visivelmente aterrorizado. Antes que algo pudesse ser feito, Nemesis, a arma máxima da Umbrella Inc. com a missão de eliminar os S.T.A.R.S restantes, surge, mata o piloto do Alpha Team e parte pra cima de Jill, pois ela é o último membro dos S.T.A.R.S que ainda estava na cidade.
Mikhail se sacrifica para salvar Jill de Nemesis e ela consegue fugir com Carlos Oliveria, graças a ajuda de Barry Burton, que os resgata de helicóptero. Dependendo das ações do jogador, Nicholai também pode morrer, mas em um arquivo em Gun Survivor, escrito após o incidente por ele, sugere que deixá-lo viver é o final verdadeiro.
